Русская версия English version   
Том 10   Выпуск 2   Год 2015
Случайные блуждания по псевдоспецифическим состояниям как модель облегченной диффузии ДНК-связывающего белка

Сибатов Р.Т., Саенко Ю.В.

Ульяновский государственный университет

 
Аннотация. Рассматривается облегченная диффузия регуляторного белка в процессе поиска специфического сайта-мишени на молекуле ДНК. На основе гипотезы о баллистическом движении между рассеяниями на псевдоспецифических участках предложена феноменологическая модель одномерного движения белка. Сочетание этого подхода с моделью дискретных случайных блужданий позволила получить зависимости среднего времени первого достижения от энергии связи, среднего пробега между псевдоспецифическими состояниями, скорости белка и температуры. Выявлены температурный и энергетический оптимумы, при которых достигаются минимальные значения среднего времени поиска.
 
Ключевые слова: облегченная диффузия, фактор транскрипции, ДНК, случайное блуждание, время первого достижения.
 
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2015;10(2):473-481
doi: 10.17537/2015.10.473
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024