Русская версия English version   
Том 10   Выпуск 2   Год 2015
Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле AMBER и оптимизация энергетических параметров обновленного поля

Гарбузинский С.А., Маткаримов Б.Т., Финкельштейн А.В.

Институт белка Российской академии наук, Пущино, Московская обл., Россия
National Laboratory Astana, Nazarbayev University, Астана, Казахстан

 
Аннотация. Разработана новая функциональная форма для силового поля невалентных взаимодействий, учитывающая, наряду с традиционными членами, как наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов, так и трехчастичные дисперсионные взаимодействия «атом – валентная связь». Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю AMBER. В рамках этой единой функциональной формы силового поля оптимизированы, с использованием данных по молекулярным кристаллам, параметры всех типов невалентных взаимодействий. Показано заметное увеличение коэффициента корреляции между рассчитанной и экспериментально определенной энергией когезии молекул в молекулярных кристаллах. 
 
Ключевые слова: невалентные атом-атомные взаимодействия, трехчастичные взаимодействия, поляризуемость, парциальные заряды, взаимодействие «атом-ковалентная связь», молекулярные кристаллы, энергия когезии.
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2015;10(2):580-592
doi: 10.17537/2015.10.580
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024