Распознавание видов флавивирусов на основе кодирующих последовательностей полипротеинов
Чалей М.Б.1, Тюлько Ж.С.2, Кутыркин В.А.3
1Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
2Омский государственный медицинский университет Минздрава России, Омск, Россия
3Московский государственный технический университет им. Н.Э. Баумана, Москва, Россия
Аннотация. Предлагается метод распознавания вида флавивируса, включая распознавание подтипа, по последовательности его генома. Метод основан на использовании частотных характеристик кодонов аминокислот в полных кодирующих последовательностях полипротеинов. Высокая надежность этого метода подтверждается при распознавании 15 групп геномов флавивирусов различных видов и подтипов, имеющих достаточное количество представителей в GenBank. Рассматриваются десять различных видов флавивирусов, четыре подтипа вируса лихорадки денге и вирус Кунджин, как подтип вируса лихорадки Западного Нила.
Ключевые слова: геном флавивируса, скрытая профильная триплетная периодичность, частоты кодонов аминокислот, распознавание вида флавируса.