Математическое моделирование учета открытых состояний в зависимости от 2H/1H соотношения в двухцепочечной молекуле ДНК
Джимак С.С.1,2, Дроботенко М.И.1, Басов А.А.1,3, Свидлов А.А.2, Барышев М.Г.1,2
1Кубанский государственный университет, Краснодар, Россия
2Южный научный центр РАН, Ростов-на-Дону, Россия
3Кубанский государственный медицинский университет, Краснодар, Россия
Аннотация. В статье представлены результаты оценки возможного влияния атомов дейтерия на раскрытие пар азотистых оснований молекулы ДНК, причиной которого может быть изотопный обмен 2H/1H, вследствие чего происходит увеличение энергии, необходимой для разрыва водородной связи. Эти процессы изучаются с помощью математического моделирования, учитывающего количество открытых состояний между парами оснований, что является одним из ключевых условий адекватности математической модели ДНК. Данные математического эксперимента показали, что присутствие дейтерия в цепочке нуклеотидов может вызывать в зависимости от величины энергии разрыва водородной связи как увеличение, так и уменьшение вероятности возникновения открытых состояний. Так, в рассмотренном примере при энергии разрыва водородной связи 0.358·10-22 Н·м, наблюдается в случае отсутствия дейтерия в молекуле ненулевая вероятность появления открытых состояний, а с энергией разрыва водородной связи 0.359·10-22 Н·м или более такая вероятность равна нулю. Если же в молекуле присутствует один атом дейтерия, ненулевая вероятность наблюдается даже при энергии разрыва водородной связи равной 0.368·10-22 Н·м (то есть более 0.358·10-22 Н·м). Показано, что участие атомов дейтерия в образовании водородных связей двойных спиралей молекулы ДНК может вызвать изменения во времени, необходимом для передачи генетической информации, что может объяснить влияние даже незначительных отклонений концентрации дейтерия в среде на метаболические процессы в живых системах.
Ключевые слова: ДНК, дейтерий, вращательные движения азотистых оснований, молекулярная динамика двухцепочечной ДНК, открытые состояния.