Русская версия English version   
Том 19   Выпуск 1   Год 2024
Компьютерное моделирование переноса заряда в молекуле ДНК в рамках простой модели открытой квантовой системы

Сюракшин А.В.1, Лахно В.Д.2, Юшанхай В.Ю.3,4

1Естественнонаучный институт, Самарский национальный исследовательский университет им. С.П. Королева, Самара, Россия
2Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия
3Лаборатория теоретической физики им. Н.Н. Боголюбова, ОИЯИ, Дубна, Россия
4Государственный университет «Дубна», Дубна, Россия

Аннотация. Исследована предложенная ранее Скуртисом и Нитцаном и обобщенная в данной работе квантово-статистическая модель переноса заряда по фрагменту искусственного ДНК. В рамках предлагаемой модели проведено численное моделирование транспорта заряженного носителя с учетом двух различных диссипативных процессов, включая захват носителя окружающей средой и декогеренцию его квантово-волнового движения за счет воздействия со стороны стохастических полей окружения. Взаимодействие носителя с окружением регулируется небольшим набором феноменологических параметров численные значения которых варьируются в процессе моделирования. Наблюдаемые характеристики движения заряда по молекуле ДНК сравниваются с решением квантового основного уравнения Коссаковского–Линдблада–Глаубера–Сударшана (далее уравнение Линдблада) для матрицы плотности носителя с использованием программы Lindblad MPO Solver. Полученные в этом подходе результаты численного анализа модели согласуются с экспериментальными наблюдениями и демонстрируют два режима движения заряженного носителя, предположительно – туннельный и прыжковый, в коротких и длинных фрагментах ДНК, соответственно. В заключении кратко обсуждаются основные концепции теории непрерывного измерения, декогеренции и суперотбора для открытых квантовых систем и перспективы их применения для дальнейшего изучения переноса заряда в молекуле ДНК. 


 

Ключевые слова: электронная структура ДНК, моделирование процесса переноса заряда в ДНК, открытая квантовая система, уравнение Линдблада.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2024;19(1):212-231
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024