Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Факультет химии, Центр теоретической химии Генри Эйринга, Университет Юты, Солт-Лейк-Сити, Юта, 84112, США

Аннотация. Эффективный параллельный алгоритм численного решения уравнений RISM и определения свободной энергии гидратации был применен для изучения относительной энергии связывания 4',6-диамидино-2-фенилиндола (DAPI) с двумя различными сайтами в малом желобе ДНК. Эффективность вычислительной процедуры позволила рассчитать свободную энергию гидратации в каждой точке траектории, полученной методом молекулярной динамики, и более точно описать растворенную молекулу по сравнению с традиционным применением метода RISM для замороженных конфигураций.

Ключевые слова: термодинамика, гидратация макромолекул, свободная энергия Гиббса, интегральные уравнения теории жидкостей, RISM, ДНК.