Русская версия English version   
Том 5   Выпуск 2   Год 2010
Метод псевдосредних функций в теории RISM. Температурная зависимость гидратации пептида окситоцина

Тихонов Дмитрий Анатольевич , Соболев Егор Васильевич

Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

dmitry.tikhonov@gmail.com

egor@impb.psn.ru
 

Аннотация. Выполнены молекулярно-динамические расчеты пептида окситоцина в диапазоне температур от 280 до 340 К в различных окружениях, включая явный водный растворитель. По полученным геометрическим конфигурациям пептида вычисляли энергию Гиббса, решая уравнения RISM для псевдосредних корреляционных функций, и сравнивали различные функционалы энергии Гиббса или избыточного химического потенциала. В приближении гауссовых флуктуаций и в теории парциальных волн энергия Гиббса не зависит от температуры. Расчеты по формуле Сингера–Чандлера или ее модификациям, учитывающим отталкивательные поправки, указывают на линейную зависимость энергии Гиббса от температуры. Анализ показывает, что температурная зависимость обусловлена членом, пропорциональным квадрату полной корреляционной функции.

Ключевые слова: RISM, псевдосредние корреляционные функции, термодинамика, температурная зависимость, интегральные уравнения теории жидкостей.

 

Идентификационный номер статьи 0421000049008.

 

 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2010;5(2):202-214
doi: 10.17537/2010.5.202
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024