Электронный журнал | Том 8 Выпуск 2 Год 2013

Cтатистический анализ радиационно-индуцированной динамики транскриптома раковых клеток по данным ДНК-микроматриц

Сибатов Р.Т., Саенко Ю.В., Учайкин В.В., Саенко В.В., Морозова Е.В., Шулежко В.В., Кожемякина Е.В., Бызыкчи А.Н., Гусаров Г.Г., Коробко Д.А., Яровикова И.В., Салтыкова К.В., Кожемякин И.И., Журавлев В.М., Журавлев А.В., Айнуллова Н.К.

Ульяновский государственный университет, Ульяновск, Россия, 432017, Ульяновск, ул. Л.Толстого 42

Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, ВМК, 119991, Москва, ГСП-1, Ленинские горы, МГУ, д. 1, стр. 52, 2-й учебный корпус, ВМК

Аннотация. В работе проведён анализ данных ДНК-микрочипов по радиационно-индуцированной динамике транскриптома раковых клеток линии HCT116 с нормальным и мутантным геном ТР53. Транскриптом анализировался через 1, 12 и 24 часа после облучения с использованием микроматрицы Affymetrix серии HGU133А. Получено, что вероятностные характеристики разностей экспрессии существенно зависят от интенсивностей базового уровня, причем для абсолютных разностей эта зависимость нелинейная. Эффект учтён в рамках алгоритма «огибающая шума» на этапах фильтрации, кластеризации и группировки генов. Судить об эффективности применяемых в работе процедур обработки данных ДНК-микрочипов можно по результатам иерархической кластеризации и метода групповых средних. Для генов, прошедших процедуру фильтрации, построены дендрограммы, на основе которых проведено предварительное сравнение динамики ключевых сигнальных путей, связанных с программируемой клеточной смертью и репарацией ДНК.

Ключевые слова: ДНК-микроматрица, экспрессия генов, иерархическая кластеризация, метод групповых средних.