Аннотация. Ранее, авторы настоящей работы ввели понятие скрытой профильной периодичности в последовательностях ДНК. В журнале «Математическая биология и биоинформатика» за 2013 год авторами была опубликована статья, в которой был изложен метод распознавания такого типа скрытой периодичности. Этот метод основан на применении спектрально-статистического подхода (2С-подхода). В своей статье авторы показали эффективность разработанного ими метода и провели его сравнение с известными методами, в частности, с методом информационного разложения (ИР-методом). В ответ на публикацию этой статьи, в журнал был представлен комментарий, авторами которого являются разработчики ИР-метода. Комментарий посвящён критике метода распознавания скрытой профильной периодичности, основанного на 2С-подходе. Из этого комментария следует, что авторы критики либо невнимательно читали текст нашей статьи, либо не знакомы с некоторыми понятиями использованного в ней математического аппарата. Поэтому мы сочли необходимым более подробно изложить теоретические основы метода и обратить внимание на ключевые моменты его применения, которые не были поняты критиками 2С-подхода. В настоящей работе показано, что, в отличие от 2С-подхода, ИР-метод не является самодостаточным методом распознавания скрытой периодичности в последовательностях ДНК и может выдавать некорректные результаты.

 

Ключевые слова: скрытая периодичность, спектрально-статистический подход, скрытая профильная периодичность.