Русская версия English version   
Том 9   Выпуск 2   Год 2014
Молекулярные механизмы биологического действия кофеина. Компьютерное моделирование конкуренции с аденозином за места связывания с рецепторами

Дерябина А.С., Родригес Э., Гонсалес Э., Дерябин М.С., Эррера X.Н., Санчес К., Полтев В.И.

Автономный университет Пуэблы, 72570, Пуэбла, Мексика
Научно-исследовательский радиофизический институт, Нижний Новгород, 603950, Россия
Институт теоретической и экспериментальной биофизики, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия


aderv@yahoo.com


Аннотация. Кофеин – это известное с древних времен и применяемое большинством населения биологически активное вещество с широким спектром действия. Кофеин (К) влияет на функционирование белков, нуклеиновых кислот и мембран. Основной фармакологический эффект К – стимуляция центральной нервной системы – определяется его антагонистической конкуренцией с аденозином (Ado) на аденозиновых рецепторах А1 и А2а. Наша работа направлена на выяснение атомно-молекулярных механизмов этого эффекта. Основной вопрос, который мы при этом ставим и на который стараемся ответить с помощью компьютерного моделирования, – как сравнительно небольшая, практически жесткая молекула К с ограниченными возможностями участия в сильных невалентных взаимодействиях может конкурировать за рецепторные сайты связывания с молекулой Ado, имеющей большее количество центров образования водородных связей и обладающей заметной конформационной подвижностью. С этой целью методом молекулярной механики были найдены минимумы энергии взаимодействия молекул К и Ado с участками трансмембранных фрагментов рецепторa A1, ответственными за связывание Ado. Оказалось, что значения энергии в наиболее глубоких из этих минимумов близки для К и Ado. Рассмотрение геометрических характеристик молекулярных моделей отдельной молекулы Ado и комплексов, соответствующих этим минимумам, показывает, что Ado, как и К, образует не более трех водородных связей с соответствующими участками рецепторов. Качественное объяснение этим результатам дает образование в наиболее выгодных конформациях молекулы Ado двух внутримолекулярных водородных связей, которое ограничивает взаимодействие с рецепторами участвующих в них атомов. Поэтому две разные по количеству гидрофильных центров и конформационным возможностям молекулы оказываются близкими с точки зрения энергии комплексообразования с участками аденозинового рецептора А1.

Ключевые слова: кофеин, аденозин, аденозиновые рецепторы, компьютерное моделирование, молекулярная механика, расчеты ab initio.

 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2014;9(2):373-385
doi: 10.17537/2014.9.373
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2021