Русская версия English version   
Том 9   Выпуск 2   Год 2014
Промоторные островки в геноме E. coli: сравнительный анализ с АТ-богатыми последовательностями

Глазунова О.А., Киселев С.С., Шавкунов К.С., Быков А.А., Панюков В.В., Озолинь О.Н.

Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия 
Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, 142290, Россия
Нижегородский государственный университет, биологический факультет, Нижний Новгород, 603950, Россия
Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

 

Аннотация. Функциональные свойства промоторных островков генома кишечной палочки, т.е. участков с аномально высокой плотностью сигналов транскрипции, сопоставлены со свойствами геномных областей, аномально обогащённых А/Т-парами. Установлено, что компьютерные выборки участков обоих типов по соответствующим критериям частично перекрываются, а их функциональные свойства во многом похожи. Однако промоторные островки отличаются от АТ-богатых последовательностей большей способностью к синтезу коротких олигонуклеотидов, которые могут быть целевыми продуктами этих необычных участков или побочными продуктами их супрессированного состояния. В островках чаще, чем в АТ-богатых участках и намного чаще, чем в местах расположения обычных промоторов встречаются инвертированные повторы. Так как структурные элементы такого типа обычно являются мишенями для взаимодействия с димерами и тетрамерами регуляторных белков, можно предположить, что инициация транскрипции с островковых промоторов контролируется регуляторными сетями клеток и, следовательно, их короткие РНК-продукты могут быть нужны для нормальной жизнедеятельности бактерий. Об этом, в частности, свидетельствует высокое содержание в клетках кишечной палочки олигонуклеотида, синтез которого с островкового промотора гена yjgL подтвержден экспериментально. 

 

Ключевые слова: промоторные островки, АТ-богатые участки генома, абортивный синтез, нетранслируемые РНК, горизонтальный перенос генов.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2014;9(2):563-574
doi: 10.17537/2014.9.563
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы Перевод на англ. яз.
Мат. биол. и биоинф.
2015;10(Suppl.):t29-t38
doi: 10.17537/2015.10.t29

Полный текст (англ., pdf)

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2021