Институт молекулярной генетики РАН

Аннотация. Нами получены карты нуклеосомной локализации для последовательности более 20 фрагментов ДНК, связывающихся с ядерным матриксом. Проведено сравнение карты с локализацией контекстных характеристик (пурин-пиримидиновые тракты, ATG-, ATC- последовательности, повторы мотивов T1-5G1-5, C1-5A1-5, повторы динуклеотидов TG, CA, TA, мотивы теломерных повторов, AT-богатые последовательности, сайты TopoII-изомеразы). Выяснено, что для участков связывания с ядерным матриксом длиной более 800 п.н. встречаются множественные сильные сайты нуклеосомной локализации, часто последовательно расположенные друг за другом. С ними соседствуют, как правило, зоны пониженного потенциала нуклеосомной локализации. С этими зонами ассоциируется повышенная частота встречаемости контекстных характеристик (пурин-пиримидиновых трактов, T1-5G1-5/C1-5A1-5-мотивов, ATG-, ATC-последовательностей, повторов пурин-пиримидиновых динуклеотидов, отдельных теломерных повторов, сайтов TopoII-изомеразы). Исключение в представленной выборке составил пример гена бета-глобина человека, интрон которого содержит сайт связывания с ядерным матриксом, некоторые контекстные характеристики, но не имеет близко расположенных сильных сайтов нуклеосомной локализации.

Ключевые слова: ядерный матрикс, локализация нуклеосом.