Институт биофизики клетки, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Российская Федерация
Пущинский государственный естественно-научный институт, Пущино, Московская область, 142290, Российская Федерация
 

Аннотация. Трансмембранные белки OppB и OppC, составляя остов бактериальных АВС-транспортеров олигопептидов, остаются совершенно не исследованными с точки зрения регуляции экспрессии кодирующих их генов. С помощью универсального алгоритма поиска потенциальных стартов синтеза РНК (PlatPromU) для геномов 13 микроорганизмов из различных таксономических групп исследована возможность транскрипции oppB, инициируемой на промоторах межгенной области oppA-oppB. Выявлены сходные паттерны распределения вероятных сайтов инициации транскрипции у энтеробактерий и необычная по насыщенности потенциальными промоторами межгенная область у Bifidobacterium dentium. Филогенетический анализ и поиск мотивов, гомологичных нуклеотидному контексту промоторного островка свидетельствуют о том, что часть его была привнесена в регуляторную область oppB Bifidobacterium dentium из кодирующей области гена GTNG_2042 эволюционно удалённого вида Geobacillus thermodenitrificans. Эта интеграция могла спровоцировать формирование протяжённого промоторного островка, которое в данном случае было направлено не на ассимиляцию нового гена, а на оптимизацию экспрессии собственного гена oppB Bifidobacterium dentium.

Ключевые слова: бактериальные геномы, ABC-транспортеры, opp-опероны, регуляция экспрессии внутренних генов оперонов, промоторы, промоторные островки, алгоритмы поиска промоторов.