Русская версия English version   
Том 10   Выпуск 2   Год 2015
Включение важнейших многочастичных взаимодействий в силовое поле АМБЕР и применение обновленного поля к молекулярно-динамическим расчетам

Балабаев Н.К., Гарбузинский С.А., Галзитская О.В., Глякина А.В., Маткаримов Б.Т., Финкельштейн А.В.

Институт математических проблем биологии, Пущино, Московская обл., 142290, Российская Федерация
Институт белка, Пущино, Московская обл., 142290, Российская Федерация
National Laboratory Astana, Nazarbayev University, Astana, Kazakhstan

Аннотация. Выведены формулы для расчета потенциалов и сил в новом силовом поле невалентных взаимодействий, включающем, наряду с традиционными членами, наведенную парциальными зарядами поляризацию всех атомов и трехчастичные дисперсионные взаимодействия "атом – валентная связь". Соответствующие новые члены добавлены к стандартному силовому полю АМБЕР. Проведены молекулярно-динамические расчеты с использованием обновленного силового поля. Показано, что добавленные, физически разумные члены не сильно замедляют молекулярно-динамическое моделирование, несмотря на то, что они учитывают важнейшие трехчастичные взаимодействия. 
 
Ключевые слова: невалентные атом-атомные взаимодействия, трехчастичные взаимодействия, поляризуемость, парциальные заряды, взаимодействие "атом-ковалентная связь".
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2015;10(2):427-435
doi: 10.17537/2015.10.427
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024