Об оценке свободной энергии на основе расчетов динамики в полуклассической модели Холстейна
Лахно В.Д., Фиалко Н.С.
Институт математических проблем биологии РАН, Пущино, Россия
Аннотация. В статье рассмотрены два способа нахождения свободной энергии, использующие термодинамически равновесные характеристики, которые рассчитаны прямым вычислительным экспериментом. Приведены результаты расчетов для однородных нуклеотидных димеров AA, GG и TT. Оба способа дают близкие результаты в области биологически значимых температур.
Ключевые слова: ДНК, димер, уравнение Ланжевена, полная энергия, энтропия.