Русская версия English version   
Том 12   Выпуск 2   Год 2017
Слайдинг и вариабельность длины интронов для генов, обогащенных длинными интронами фазы 1

Поверенная Ирина Владимировна, Горев Денис Дмитриевич, Астахова Татьяна Всеволодовна, Цитович Иван Иванович, Яковлев Виктор Вадимович, Ройтберг Михаил Абрамович

Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Московский Государственный Университет имени М.В. Ломоносова, Москва
Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН, Москва
Московский физико-технический институт, Москва
Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино
Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики», Москва
Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН, Москва

 
Аннотация. В связи с высоким уровнем мутагенеза в последовательности интрона, эволюцию интронов обычно рассматривают только в рамках эволюции экзон-интронной структуры (ЭИС) гена в целом. Смещение границ интрона на небольшое расстояние (редкое эволюционное событие, называемое слайдингом) может привести к смене фазы интрона. Проведен анализ ЭИС эукариотических генов в целях выявить предпочтительный выбор фазы интрона во время слайдинга и изучить зависимость между длинами ортологичных интронов. Для определения ортологичных интронов мы построили соответствующие выравнивания экзон-интронных структур. Анализ полученных выравниваний выявил несколько событий слайдинга со смещением фазы, однако результаты не подтвердили нашу первоначальную гипотезу, что в процессе слайдинга интроны предпочитают менять свою фазу на наиболее часто встречающуюся фазу 0. Для окончательных выводов, тем не менее, необходимо провести поиск случаев изменения фазы на большей выборке генов. Несмотря на общеизвестную высокую вариабельность длины интрона, в некоторых таксономических группах значения длины схожи. Более того, можно увидеть некоторую консервативность, если вместо длины интрона L рассматривать нормализованную длину N = (LA)/A, где A – это средняя длина по группе ортологичных интронов. Например, для гена ptprd в случае птиц (28 видов) нормализованная длина находится в интервале (–0.15; 0.15) для 85.2 % интронов, что существенно выше значения для случайной выборки длин в соответствии с распределением длин интронов. Такая консервативность длины ведет нас к вопросу о длине древних интронов.
 
Ключевые слова: экзон-интронная структура, ЭИС, интроны фазы 1, выравнивание, слайдинг, консервативность.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2017;12(2):302-316
doi: 10.17537/2017.12.302
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы
Доп. материалы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024