Русская версия English version   
Том 12   Выпуск 2   Год 2017
Анализ торсионных углов между осями спиралей в спиральных парах белковых молекул

Тихонов Д.А., Куликова Л.И., Ефимов А.В.

Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
Институт белка РАН, Пущино, Московская область, Россия
Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН,  Пущино, Россия

 
Аннотация. В данной работе проведен анализ распределения торсионных углов между осями спиралей в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Исследование проводилось на множестве спиральных пар, отобранных из структур белковых молекул, представленных в PDB. Полученное множество спиральных пар было проанализировано и разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределение всех типов спиральных пар, не имеющих пересечений проекций спиралей, в зависимости от торсионного угла охватывает практически весь диапазон углов с двумя пиками в области 0° и 180°. Большинство пар указанного подмножества составляют спиральные пары, состоящие из α- и 310-спиралей. Спиральные пары, образованные двумя α-спиралями, представляют значительную часть подмножества с пересечением проекций спиралей, и распределение таких структур имеет максимум в области значений торсионного угла между осями спиралей в области 20°–25°. Образованные двумя α-спиралями спиральные пары составляют абсолютное большинство пар подмножества с пересечением проекций и осей спиралей. Для них характерно распределение с тремя максимумами, лежащими в области острых углов: в области отрицательных значений (от –50° до –25°), в области положительных значений (от 20° до 25°) и в области прямого угла (от 70° до 110°).
 
Ключевые слова: структурные мотивы, точечная модель, спиральные пары в белковых молекулах, торсионный угол между осями спиралей.
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2017;12(2):398-410
doi: 10.17537/2017.12.398
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы Перевод на англ. яз.
Мат. биол. и биоинф.
2018;13(Suppl.):t17-t28
doi: 10.17537/2018.13.t17

Полный текст (англ., pdf)

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024