Аннотация. В работе предлагается алгоритм тримминга - фильтрации по качеству прочтения - результатов высокопроизводительного секвенирования парно-концевых библиотек ампликонов, применяемых при анализе таксономического разнообразия сообществ микроорганизмов. Предлагаемая методика позволяет избежать потери большого количества данных в ходе фильтрации, увеличивая статическую репрезентативность анализируемых выборок расшифрованных нуклеотидных последовательностей. В ходе проведенного исследования впервые показано, что при использовании тримминга с применением скользящей рамки происходит неравномерная элиминация последовательностей разных таксономических групп из выборки, что приводит к искажению картины представленности таксономического состава сообщества при метагеномном анализе. Алгоритм, предложенный в работе, позволяет избежать подобного искажения. Алгоритм тримминга реализован в виде скрипта на языке программирования R и доступен по ссылке: https://github.com/barnsys/metagenomic_analysis. Там же приведены демо-файлы, иллюстрирующие работу программы.

 

Ключевые слова: метагеномика, ампликоны, секвенирование нового поколения, мета-баркодинг, контроль качества, программа для фильтрации прочтений.