Аннотация. Предложен подход к построению стохастической модели динамики популяции частиц, распределенной по компартментной системе с трубками. Динамика популяции описывается в терминах многомерного случайного процесса рождения и гибели, дополненного учетом точечных распределений, отражающих различные типы частиц. В данной модели принадлежность частицы к определенному типу определяется временем ее перехода между компартментами. Продолжительности переходов частиц по трубкам не являются случайными, они задаются как параметры среды, в которой развивается популяция. Для формализации и компактного представления модели использована теория графов. На основе метода Монте-Карло построен алгоритм численного моделирования динамики популяции. Приведены результаты вычислительных экспериментов для системы, состоящей из пяти компартментов.