Русская версия English version   
Том 14   Выпуск 2   Год 2019
Гомологи РНК-лигазы 2 бактериофага T4 в метагеномах океанической микробиоты

Зимин А.А.1, Никулин Н.А.1, Назипова Н.Н.2

1Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г. К. Скрябина РАН, - обособленное подразделение ФИЦ ПНЦБИ РАН, Пущино, Россия
2Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия

Аннотация. РНК-лигаза 2 фага T4 – это уникальный фермент, функционально сходный, в отличие от других РНК-лигаз, с ДНК-лигазами, а также родственный редактирующим РНК-лигазам паразитических трипаносом и лейшманий. РНК-лигазы 2 присутствуют в ограниченном (небольшом) количестве геномов, которые, к тому же, сильно разбросаны по древу жизни. В работе был проведен поиск гомологов РНК-лигазы 2 в базах данных пелагических океанических генетических данных GOS и глубоководной осадочной микробиоты LCGC14. В метагеномах пелагической и осадочной глубоководной микробиоты было найдено соответственно 6 и 15 гомологов РНК-лигазы 2 бактериофага Т4, пригодных для анализа. Филогенетический анализ обнаруженных аминокислотных последовательностей показал, что большинство из них проявляют сходство с гомологами РНК-лигазы 2 из бактерий и грибов. На ветви филогенетического дерева, общей для гомологов из подсемейства бактериофагов Tevenvirinae и протистов типа Euglenozoa, были найдены пять гомологов океанического происхождения. Этот результат говорит о наличии как в толще воды открытого океана, так и на его дне новых, еще неизвестных организмов, геномы которых кодируют этот редкий фермент.

Ключевые слова: океанические метагеномы, генетические исследования глубоководной осадочной и пелагической микробиоты, РНК-лигаза 2, геномика бактериофагов.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2019;14(2):683-704
doi: 10.17537/2019.14.683
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы Перевод на англ. яз.
Мат. биол. и биоинф.
2020, 15(Suppl):t88-t108
doi: 10.17537/2020.15.t88

Полный текст (англ., pdf)

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024