Русская версия English version   
Том 17   Выпуск 2   Год 2022
Идентификация новых микроРНК, участвующих в развитии рака и процессе метастазирования, в случае светлоклеточной почечно-клеточной карциномы

Рана Х. Хамуд1, Тамадхер А. Рафаа2, Рафат Х. Абдулджалил3, Ахмед А. Сулейман3

1Стоматологический колледж Анбарского университета, Рамади, Анбар, Ирак
2Офис президента Университета Анбара, Рамади, Анбар, Ирак
3Научный колледж Анбарского университета, Рамади, Анбар, Ирак

Аннотация.  МикроРНК представляют собой некодирующие молекулы длиной 21–23 нуклеотида, которые участвуют в посттранскрипционной регуляции экспрессии генов путем сайленсинга мРНК. Есть данные, что активность микроРНК связана с различными видами рака человека, такими, как рак молочной железы, колоректальный рак, рак яичников и гепатоцеллюлярная карцинома, а также со светлоклеточной почечно-клеточной карциномой. В 2020 году заболеваемость раком почки во всем мире составила 319 016 человек.  Светлоклеточный почечно-клеточный рак связывают с потерей или мутацией гена VHL.   Цель этого исследования состояла в том, чтобы идентифицировать  микроРНК, которые по-разному экспрессируются в образцах нормальной ткани почек и ткани, пораженной  светлоклеточной почечно-клеточной карциномой. Для этого исследования общедоступный набор данных микроРНК из ArrayExpress был получен и подвергнут последующей  обработке. Картирование, идентификацию известных и новых микроРНК и количественную оценку мы выполняли с использованием компьютерной программы miRDeep2  из пакета DESeq R/Bioconductor. Идентификацию мишеней и анализ функциональной нагрузки мы проводили с использованием GeneCodis4. Всего было обнаружено, что дифференциально экспрессируются 2656 микроРНК, среди которых 229 микроРНК с повышенной и  и 302 с пониженной экспрессией. В этом исследовании мы идентифицировали пять микроРНК, про которые уже было известно из литературы, что они в значительной степени связаны со светлоклеточной почечно-клеточной карциномой. Кроме того, мы обнаружили  набор из пяти микроРНК, которые ранее не связывались с светлоклеточной почечно-клеточной карциномой.

Ключевые слова: микроРНК, светлоклеточная почечно-клеточной карцинома, ArrayExpress, E-GEOD-24457.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2022;17(2):338-359
doi: 10.17537/2022.17.338
опубликована на англ. яз.

Аннотация (англ.)
Аннотация (рус.)
Полный текст (англ., pdf)
Список литературы
Доп. материалы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024