Русская версия English version   
Том 18   Выпуск 2   Год 2023
Исследование фитохимических веществ на основе мангровых деревьев в качестве потенциальных ингибиторов вирусной РНК-хеликазы методами in silico докинга и молекулярно-динамического моделирования

Сатпати Р., Ачарья С.

Школа биотехнологии, Университет Гангадхар Мехер, Амрута Вихар, Самбалпур, Одиша, Индия


Аннотация. Большое разнообразие молекулярных соединений растительного происхождения из растений мангровых лесов привлекло к себе внимание из-за открытия их противовирусной активности. Доказано, что фитолекарства на их основе  хорошо защищают от ряда патогенных вирусов. Однако необходимо провести скрининг этих эффективных противовирусных соединений для отбора тех из них, которые обладают меньшим количеством вредных побочных эффектов. Это исследование было направлено на скрининг нескольких биологически активных соединений из мангровых растений, которые можно было бы использовать в качестве ингибитора вирусной РНК-хеликазы. Пятьдесят девять соединений были выбраны из литературы и баз данных для первоначального изучения и скрининга в соответствии с правилом пяти Липински.  Полученные выбранные соединения были подвергнуты еще одной серии скрининга путем исследования молекулярного докинга с пятью различными ферментами РНК-хеликазы патогенного вируса с использованием инструмента Autodock Vina с последующим анализом ADMET (абсорбция, распределение, метаболизм, выведение и токсичность). Кроме того, лучшие связанные с соединениями комплексы хеликазы с РНК были включены в 50-наносекундное молекулярно-динамическое моделирование с использованием программного обеспечения Gromacs 5.1.1 с последующим анализом площади поверхности Пуассона-Больцмана (MM-PBSA) методом молекулярной механики. Это сравнительное исследование предсказывает, что фитохимический гедунин является отличным ингибитором фермента РНК-хеликазы SARS-CoV-2, за которым следуют вирус японского энцефалита и вирус гепатита С. Результаты исследования могут привести к разработке противовирусных соединений против ферментов РНК-хеликаз патогенных вирусов.

Ключевые слова: патогенные вирусы, РНК-хеликаза, молекулярный докинг, моделирование молекулярной динамики, фитохимические вещества мангровых деревьев.

 

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2023;18(2):405-417
doi: 10.17537/2023.18.405
опубликована на англ. яз.

Аннотация (англ.)
Аннотация (рус.)
Полный текст (англ., pdf)
Список литературы
Доп. материалы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-