¹Саратовский национальный исследовательский государственный университет имени Н.Г. Чернышевского, Саратов, Россия
²Институт математических проблем биологии – филиал ИПМ имени М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия

Аннотация. Предложен вариант модели Пейярда – Бишопа – Доксуа, в котором учтён частично делокализованный характер стэкинг-взаимодействий ДНК. Показано, что нелокальный inter-site потенциал способен приводить к повышению локальной кооперативности открывания баббла и увеличению числа синхронно открывающихся смежных нуклеотидных пар при его зарождении. Изучен процесс формирования и распространения мобильных бризеров, возбуждаемых за счет начальных смещений нескольких нуклеотидных пар. Установлено, что учет в модели ПБД нелокальной связи приводит, при сохранении остальных параметров модели, к уменьшению скорости мобильного бризера и повышению вероятности нуклеации пузырька денатурации. 

Ключевые слова: ДНК, мобильный бризер, стэкинг-взамодействия, баббл, нуклеация, модель Пейярда – Бишопа – Доксуа.