Русская версия English version   
Том 18   Выпуск 2   Год 2023
Выбор таргета в геномах прототипных штаммов для распознавания подрода коронавирусов

Чалей М.Б.1, Кутыркин В.А.2

1Институт математических проблем биологии – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, Пущино, Московская область, Россия
2Московский государственный технический университет им. Н.Э. Баумана, Москва, Россия

Аннотация. В работе предложен таргетный подход к распознаванию подрода коронавируса на основе распределения частот кодонов N-гена белка нуклеокапсида. В предложенном подходе на основе статистики вычисляется отклонение распределения частот кодонов в N-гене анализируемого генома коронавируса от такого же распределения в каждом из 67 прототипных штаммов, характеризующих 23 подрода в четырех родах коронавирусов. Наименьшее отклонение от распределения в одном из прототипных штаммов указывает на подрод, к которому принадлежит этот штамм. Такой подход оказался эффективным и обеспечивает достоверность распознавания подрода коронавируса не менее 99 %. Среди всех кодонов генетического кода в соответствии с распределением их частот в N-гене коронавирусов выделены совокупности из 38 и 7 кодонов, обеспечивающих требуемую эффективность распознавания. Выделенные в этих совокупностях кодоны фиксируют таксономическую структуру подрода коронавируса.


Ключевые слова: подрод коронавируса, таргетный подход, прототипные штаммы коронавирусов, N-ген коронавируса, распределение частот кодонов в N-гене.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2023;18(2):267-281
doi: 10.17537/2023.18.267
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-