 |
|
 |
 |
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
 |
|
|
|
| Том 7 Выпуск 2 Год 2012 | ||
Использование программы кристаллографического уточнения Refmac в процессе выявления альтернативных конформаций в биологических макромолекулах
Соболев О.В., Лунин В.Ю. Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия Аннотация. Изучение смещений центров атомов при кристаллографическом уточнении макромолекулярной структуры без стереохимических ограничений позволяет обнаруживать присутствие альтернативных конформаций фрагментов полипептидной цепи. Процедуры автоматического принятия решений о наличии или отсутствии альтернативной конформации для конкретного фрагмента опираются на статистический анализ смещений атомов, полученных при тестовом уточнении большого количества белковых структур. При этом распределения вероятностей смещений оказываются зависимыми от используемой программы уточнения. В данной работе описаны построение баз смещений атомов, их анализ и разработка автоматических процедур идентификации альтернативных конформаций при использовании для уточнения структуры одного из наиболее популярных инструментов - программы Refmac. |
Содержание
Оригинальная статья
Соболев О.В., Лунин В.Ю. Использование программы кристаллографического уточнения Refmac в процессе выявления альтернативных конформаций в биологических макромолекулах. Математическая биология и биоинформатика. 2012;7(2):692-702. doi: 10.17537/2012.7.692 (опубликована на рус. яз.) Аннотация (рус.) Аннотация (англ.) Полный текст (рус., pdf) Список литературы Перевод на англ. яз. Sobolev O.V., Lunin V.Yu. The Use of Refmac Crystallographic Refinement Program for Detection of Alternative Conformations in Biological Macromolecules. Маthematical biology and bioinformatics. 2012;7(2):t16-t24. doi: 10.17537/2012.7.t16 Полный текст (англ., pdf)
|
|