Русская версия English version   
Том 13   Выпуск 1   Год 2018
Структурированные РНК-маркеры для генотипирования вируса клещевого энцефалита

Гусев В.Д., Мирошниченко Л.А., Титкова Т.Н., Джиоев Ю.П., Козлова И.В., Парамонов А.И.

Институт математики им. С.Л.  Соболева СО РАН, Новосибирск, Россия
НИИ Биомедицинских технологии Иркутского государственного медицинского университета, Иркутск, Россия
Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека, Иркутск, Россия

Аннотация. Клещевой энцефалит относится к числу опасных природно-очаговых инфекций. Возбудителем заболевания является вирус клещевого энцефалита (ВКЭ), переносимый клещами. Различают три основных подтипа ВКЭ с разными клиническими проявлениями болезни, но допускается и возможность существования других подтипов. Эффективность лечения болезни во многом может зависеть от правильной идентификации генотипа ВКЭ. Исчерпывающая информация о генотипе содержится в полной кодирующей последовательности генома ВКЭ. Из неё можно извлечь ограниченное количество маркеров генотипирования в виде относительно коротких структурированных фрагментов РНК. В данной работе сформулирован достаточно общий подход к выделению структурированных РНК-маркеров для генотипирования ВКЭ. Рассматриваются три типа структур: периодичности, фракталоподобные конструкции и компактно локализованные комбинации разнотипных повторов. Обосновывается выбор этих структур для целей генотипирования и возможной их роли в формировании патогенного потенциала вируса. Подход апробирован на полных кодирующих последовательностях ВКЭ (161 штамм). Приведены примеры наиболее характерных маркеров каждого из трех типов.
 
Ключевые слова: вирус клещевого энцефалита, генотипирование,  РНК-маркеры, L-граммный анализ, периодичности, фракталоподобные и комбинированные структуры.
 
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2018;13(1):13-37
doi: 10.17537/2018.13.13
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024