Русская версия English version   
Том 15   Выпуск 2   Год 2020
Исследование модели ДНК с нелокальной связью в столкновительном термостате

Шигаев А.С., Лихачёв И.В., Лахно В.Д.

Институт математических проблем биологии РАН – филиал ИПМ имени М.В. Келдыша РАН, Пущино, Россия

Аннотация. Модифицированная модель Пейярда – Бишопа – Доксуа с нелокальной связью в inter-site потенциале исследована в столкновительном термостате с максвелловским распределением короткоживущих виртуальных частиц по скоростям при температуре 310 K. Обнаружено, что ввод нелокальности в inter-site потенциал существенно снижает константы равновесия для реакции образования пузырьков денатурации и улучшает согласие расчётных данных с экспериментами. Данный эффект особенно выражен для пузырьков крупного размера. Исследованы концевые эффекты в новой версии модели. Показан существенный вклад энтропии и связанная с ним важная роль процессов переноса и локализации механической энергии на концевых участках ДНК.

 

Ключевые слова: ДНК, модель Пейярда – Бишопа – Доксуа, столкновительный термостат, пузырёк денатурации, концевые эффекты, нуклеация.

 
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2020;15(2):129-137
doi: 10.17537/2020.15.129
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2022