Государственное научное учреждение «Институт генетики и цитологии» Национальной академии наук Беларуси, Минск, Беларусь

Аннотация. Разработан универсальный методологический подход, который позволяет решать задачу дифференциации близкородственных видов по необработанным данным секвенирования NGS. Метод основан на использовании однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Данный подход универсален, его можно использовать при биоинформатическом анализе любых файлов с результатами секвенирования независимо от исследуемого биологического вида. Разработанный нами подход основан на автоматизации процесса поиска нуклеотидных последовательностей, фланкирующих искомый аллель. Поиск может проводиться на персональном компьютере исследователя, язык программирования Python v.3.10 и среда разработки программного обеспечения Jupyter Notebook бесплатны и общедоступны. Методологический подход для генотипирования in silico реализован в виде программы GENIS. В рамках данной работы проведена апробация программы на файлах с результатами секвенирования геномов животных рода Sus, выявлены полиморфизмы для дифференциации свиней породы дюрок.

Ключевые слова: однонуклеотидный полиморфизм, генотипирование in silico, Sus scrofa, Python v.3.10, Jupyter Notebook.