Институт математических проблем биологии, Российская академия наук, Пущино, Московская область, 142290, Россия

 

dmitry.tikhonov@gmail.com

egor@impb.psn.ru

Аннотация. Предложен новый подход к исследованию влияния растворителя на молекулярные системы, основанный на теории интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM. Получено новое интегральное уравнение, в котором матрица внутримолекулярных корреляций усредняется по молекулярным траекториям, рассчитываемым методом молекулярной динамики. Такой способ позволяет учитывать подвижность растворенных молекул при оценках эффекта сольватации. Выполнено сравнение результатов полученных в рамках нового подхода со стандартными расчетами средних по траектории термодинамических величин на примере пептида окситоцина. Показано, что все структурные и термодинамические параметры сольватации пептида, полученные в рамках нового метода, лежат в интервале статистической погрешности при усреднении по траектории.

Ключевые слова: гидратация макромолекул, стационарная динамическая траектория, термодинамика, интегральные уравнения теории жидкостей, RISM.

Идентификационный номер статьи 0421000049007.