Русская версия English version   
Том 18   Выпуск 2   Год 2023
Исследовательский подход к моделированию для улучшения отбора генов с использованием регуляризованной регрессионной модели Кокса

Гада Юсиф Исмаил Абдаллх1, Закария Яхья Алгамаль2,3

1Кафедра механических технологий, Технический институт в Мосуле, Северный технический университет, Мосул, Ирак
2Кафедра статистики и информатики, Мосульский университет, Мосул, Ирак
3Инженерный колледж Университета Варит Аль-Анбия, Кербела, Ирак

Аннотация. Производя необходимые белки, процесс экспрессии генов устанавливает физические свойства живых существ. Экспрессия генов может быть зарегистрирована с использованием различных подходов. В последнее время регрессионный анализ занял видное место в области генетических исследований. Некоторые из генов, выявляемых из многомерной информации об экспрессии генов статистическими методами, могут быть не связаны с  заболеваниями. Точность выявления наиболее сильно экспрессирующихся генов из огромного их множества является одной из основных проблем. В статье описывается подход, который позволяет улучшать результаты существующих методов анализа данных по экспрессии генов. Для цензурированных данных о выживании наиболее широко используемой моделью является регрессионная модель пропорциональных рисков Кокса. Для идентификации важных генов и достижения высокой точности классификации в этом исследовании предлагается новая методика выбора параметра настройки с использованием алгоритма оптимизации. Согласно данным эксперимента, предложенная стратегия работает намного лучше, чем два конкурирующих метода, с точки зрения площади под кривой и количества выбранных генов. В этом исследовании представлена всесторонняя оценка последних работ по оценке эффективности регрессионного анализа при отборе генов. В дополнение к анализу производительности, это исследование проводит тщательную оценку многочисленных усилий, предпринятых в последние годы для различных расширенных моделей, основанных на отборе генов.


Ключевые слова: регрессионная модель Кокса, штрафной метод, отбор генов, алгоритм поиска вороны.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2023;18(2):282-293
doi: 10.17537/2023.18.282
опубликована на англ. яз.

Аннотация (англ.)
Аннотация (рус.)
Полный текст (англ., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-