Русская версия English version   
Том 11   Выпуск 1   Год 2016
Фурлетова Е.И., Ройтберг М.А.

О количестве перекрытий слов в паттернах

Математическая биология и биоинформатика. 2016;11(1):14-23.

doi: 10.17537/2016.11.14.

Список литературы

  1. Boyer R.S., Moore J.S. A fast string searching algorithm. Communications ACM. 1977;20(10):762-772. doi: 10.1145/359842.359859
  2. Knuth D., Morris J.H., Pratt J.V. Fast pattern matching in strings. SIAM Journal on Computing. 1977;6(2):323-350. doi: 10.1137/0206024
  3. Aho A.V., Corasick M.J. Efficient string matching: An aid to bibliographic search. Communications of the ACM. 1975;18(6):333-340. doi: 10.1145/360825.360855
  4. Crochemore M., Hancart C., Lecroq T. Algorithms on strings. New York: Cambridge University Press; 2007. 353 p. doi: 10.1017/CBO9780511546853
  5. Lothair M. Combinatorics on Words. Cambridge: Cambridge University Press; 1997. 260 p. doi: 10.1017/CBO9780511566097
  6. Duval J.P., Lecroq T., Lefebvre A. Border array on bounded alphabet. Journal of Automata, Languages and Combinatorics. 2005;10(1):51-60.
  7. Stormo G.D. DNA binding sites: representation and discovery. Bioinformatics. 2000;16(1):16-23. doi: 10.1093/bioinformatics/16.1.16
  8. Durbin R., Eddy S., Krogh A., Mitchison G. Biological sequences analysis: Probabilistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge: Cambridge University Press; 1998. doi: 10.1017/CBO9780511790492
  9. Kulakovskiy I., Medvedeva Y.A, Shaefer U., Kasianov A.S., Vorontsov I.E., Bajic V.B., Makeev V.J. HOCOMOCO: A comprehensive collection of human transcription factor binding sites models. Nucleic Acids Research. 2013;41:195-202. doi: 10.1093/nar/gks1089
  10. Régnier M., Furletova E., Yakovlev V., Roytberg M. Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models. Algorithms for Molecular Biology. 2014;9(1). doi: 10.1186/s13015-014-0025-1
  11. Lothaire M. Statistics on Words with Applications to Biological Sequences. In: Applied combinatorics on words: Encyclopedia of Mathematics and its Applications. Cambridge: Cambridge University Press; 2004. 610 p.
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2016;11(1):14-23
doi: 10.17537/2016.11.14
опубликована на рус. яз.

Аннотация (рус.)
Аннотация (англ.)
Полный текст (рус., pdf)
Список литературы
Доп. материалы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024