Русская версия English version   
Том 12   Выпуск 1   Год 2017
Наджафи Ф., Халафи М., Голалипур М., Азиммохшени М.

Вероятность ошибочной классификации гена зависит от достоверности периодичности его экспрессии во времени

Математическая биология и биоинформатика. 2017;12(1):198-203.

doi: 10.17537/2017.12.198.

Список литературы

  1. Fokianosa K., Promponas V.J. Biological applications of time series frequency domain clustering. Journal of Time series Analysis. 2012;33(5):744. doi: 10.1111/j.1467-9892.2011.00758.x
  2. Gonze D., Pinloche S., Gascuel O., Van Helden J. Discrimination of yeast genes involved in methionine and phosphate metabolism on the basis of upstream motifs. Bioinformatics. 2005. doi: 10.1093/bioinformatics/bti558
  3. Spellman P.T., Sherlock G., Zhang M.Q., Iyer V.R., Anders K., Eisen M.B., Brown P.O., Botstein D., Futcher B. Comprehensive identification of cell cycle-regulated genes of the yeast saccharomyces cerevisiae by microarray hybridization. Molecular Biology of the Cell. 1998:3273. doi: 10.1091/mbc.9.12.3273
  4. Eisen M.B., Spellman P.T., Brown P.O., Botstein D. Cluster analysis and display of genomewide expression patterns. Proceedings of the National Academy of Sciences. 1998;95:14863-14868. doi: 10.1073/pnas.95.25.14863
  5. Glynn E.F., Chen J., Mushegian A.R. Detecting periodic patterns in unevenly spaced gene expression time series using Lomb-Scargle periodograms. Bioinformatics. 2006;22:310. doi: 10.1093/bioinformatics/bti789
  6. Zhao W., Serpedin E., Dougherty E.R. Spectral preprocessing for clustering time-series gene expressions. EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology. 2009. 10.1155/2009/713248
  7. Nugent R., Meila M. An overview of clustering applied to molecular biology. Methods in Molecular Biology. 2010:369. doi: 10.1007/978-1-60761-580-4_12
  8. Wichert S., Fokianos K., Strimmer K. Identifying periodically expressed transcripts in microarray time series data. Bioinformatics. 2004:5. doi: 10.1093/bioinformatics/btg364
  9. Zhao L.P., Prentice R., Breeden L. Statistical modeling of large microarray data sets to identify stimulus response profiles. Proc. Natl Acad. Sci. USA. 2001;98(10):5631-5636. doi: 10.1073/pnas.101013198
  10. Ahdesmaki M., Lahdesmaki H., Pearson R., Huttunen H., Yli-Harja O. Robust detection of periodic time series measured from biological systems. BMC Bioinformatics. 2005;6:117. doi: 10.1186/1471-2105-6-117
  11. Hughes M.E., Hogenesch J.B., Kornacker K. JTK-CYCLE: an efficient nonparametric algorithm for detecting rhythmic components in genome-scale data sets. Journal of biological rhythms. 2010:372. doi: 10.1177/0748730410379711
  12. Scargle J.D. Statistical aspects of spectral analysis of unevenly spaced data. Astrophys. J. 1982:835. doi: 10.1086/160554
Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2017;12(1):198-203
doi: 10.17537/2017.12.198
опубликована на англ. яз.

Аннотация (англ.)
Аннотация (рус.)
Полный текст (англ., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-2024