Русская версия English version   
Том 18   Выпуск 1   Год 2023
Создание молекулярно-динамической модели для высокопроизводительных расчетов конформационных изменений протофиламентов микротрубочек, связанных с противоопухолевым препаратом таксол

Федоров В.А.1,2, Холина Е.Г.2, Булатов М.Ф.3,2, Коваленко И.Б.2,3,4

1Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН, Москва, Россия
2Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Москва, Россия
3Научно-технологический центр уникального приборостроения РАН, Москва, Россия
4Псковский государственный университет, Псков, Россия

Аннотация. Созданы молекулярно-динамические модели тетрамеров тубулина в комплексе с противораковым препаратом таксолом на основании пространственных структур высокого разрешения (PDB ID 3J6G). Было осуществлено тестирование производительности различных вычислительных архитектур в молекулярно-динамических расчетах тетрамеров тубулина. Проведена серия вычислительных экспериментов и получены три молекулярно-динамические траектории длительностью 1 мкс каждая. На основе полученных молекулярно-динамических траекторий проведен анализ конформационной подвижности тетрамеров тубулина в комплексе с таксолом, вычислены углы Эйлера для внутри- и междимерных интерфейсов протофиламента, а также степень и направление изгиба протофиламента. На основании ранее полученных нами данных о равновесных структурах свободных протофиламентов микротрубочек и протофиламентов в комплексах с таксолом исследована гибкость протофиламентов по теореме равнораспределения энергии, вычислена их жесткость и выявлено влияния таксола на изгибную жесткость протофиламентов микротрубочек.


Ключевые слова: молекулярная динамика, микротрубочки, тубулин, таксол, углы Эйлера, производительность молекулярно-динамических расчетов.

Содержание Оригинальная статья
Мат. биол. и биоинф.
2023;18(1):105-112
doi: 10.17537/2023.18.105
опубликована на англ. яз.

Аннотация (англ.)
Аннотация (рус.)
Полный текст (англ., pdf)
Список литературы

 

  Copyright ИМПБ РАН © 2005-